La chiesa, con l’annesso convento di S. Anna, è situata nella zona più alta della città di Tivoli, dove un tempo si trovavano due chiese: quella di S. Clemente Papa e quella di S. Maria degli Angeli; è raggiungibile dalla Via di S. Anna percorribile da Via Colsereno.
Quando la chiesa di S. Clemente venne distrutta, nel 1557 durante la guerra tra Paolo IV e Filippo di Spagna, perché disturbava le fortificazioni della città, trovandosi vicino alle mura, i monaci benedettini la ricostruirono e la vendettero alle monache del Terzo Ordine Francescano, che a loro volta la rivendettero ai padri Somaschi nel 1610.
Solo nel 1701 il cardinale Marescotti, già Vescovo di Tivoli dal 1679 al 1684, la restaurò e la donò definitivamente alle monache di S. Elisabetta di Tivoli.
Alla Madonna e a S. Anna si riferisce la scritta che compare sulla facciata della Chiesa: SS. DEIPARAE VIRG. ANGELORUM TEGINA(E) ET S. ANNAE D.:
“Tempio dedicato alla Santissima Vergine Madre di Dio, Regina degli Angeli, e a Sant’Anna”.
All’interno si conservano opere riconducibili al XVII-XVIII secolo, tra cui una grossa tela ad olio raffigurante S. Clemente Papa, S. Francesco d’Assisi e S. Elisabetta, una tela ad olio con S. Michele Arcangelo che uccide il demonio (copia del XVIII secolo del celebre quadro di Raffaello al Louvre) e l’affresco dell’Annunciazione entro un grande arco in cui sono affrescati S. Lorenzo, S. Barbara, S. Chiara, S. Antonio da Padova e S. Antonio Abate.
